مگامن و همراهانش که  “زیرو” و “اکسل” نام دارند، با هم متحد شده اند تا نسل بشری را نجات دهند و از دنیا محافظت کنند. شما در بازی کنترل هر سه شخصیت را می توانید به دست بگیرید. هریک از این قهرمانان ویژگی های خاص خود را دارند و هریک از سلاح های ویژه ای برای نابودی دشمن استفاده می کنند. بازی سبکی اکشن و ماجرایی دارد و از ۱۲ مرحله ی کامل تشکیل شده است که هریک زیر مرحله هایی نیز دارند و در واقع شما باید در هرمرحله مأموریت های متعددی انجام دهید. تمامی عملیات ها در ایستگاه فضایی انجام می شود و در هرمرحله تجربه های جدید را کسب کرده و مهارت جدیدی به توان کاراکتر افزوده می شود.